超声波清洗主要是利用“空化效应”清洗器械的。空化作用即是超声波以每秒两万次以上的压缩力和减压力交互性的高频变换方式向液体进行透射。在减压力作用时，液体中产生真空泡，而在压缩力作用时，真空泡受压力压碎时产生强大的冲击力，由此剥离被清洗物表面的污垢，从而达到清洗干净的目的。
除气过程是指去除清洗介质中溶解的空气的过程。在超声波清洗过程中，肉眼能看见的泡并不是真空泡，而是空气气泡，这些残存在液体里的气泡会导致声波传播损失，降低冲击波强度，削弱清洗作用，只有当液体中的空气气泡被完全脱走，空化作用的真空泡破裂的时候，其爆破的能量才能将器械表面的污染物“击碎”，从而达到超声清洗的[敏感词]效果。因此超声清洗机在使用前应注意除气步骤，排除清洗介质中的空气气泡，以提高清洗效率。
除气过程中应注意，除气应在清洗剂或酶清洗剂等清洗溶液加入清洗水槽后进行，以免在添加清洗溶液时再次引入空气气泡。除气的时间根据清洗介质、温度、水槽尺寸和水质情况而定。一般情况下，除气过程时间可以与超声清洗清洗时间相同，但不得加入任何器械。具体操作应根据厂商的使用说明书（IFU）而定。每次更换清洗液后都应进行除气操作。长时间未使用的超声清洗液也应该进行除气操作，因为在设备停止的时间里，空气会再次进入清洗介质。有些超声清洗设备具有除气功能，在开机时先进行低于空化阈值的功率水平作振动，以脉冲或间歇方式振动进行除气。然后功率加到正常清洗的功率水平进行超声清洗;有些超声清洗设备附有抽气装置（所谓真空脱气），其目的同样是减少清洗介质中的残存气体。
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